หอมแม่โจ้ 90 ปี เป็นข้าวสายพันธุ์ใหม่ ที่เป็นข้าวไม่ไวต่อช่วงแสง ต้นเตี้ย ข้าวเหนียวหอม โดยเกิดจากการปรับปรุงพันธุ์ข้าวเหนียว พันธุ์, สันป่าตอง 1 เป็นพันธุ์รับ (recurrent parent) และมีพันธุ์ข้าวเหนียวพันธุ์ กข6 เป็นพันธุ์ให้ (donor parent) อัลลีลด้อย fgr ที่ควบคุมให้ ข้าวหอม target gene คืออัลลีลด้อย fgr เครื่องหมายโมเลกุลที่ใช้คัดเลือก Fgr/fgr คือไพรเมอร์ ESP, IFAP, INSP และ EAPA (Bradbury et. al., 2005) โดยมีขั้นตอนดังนี้ เริ่มในฤดูนาปรัง 2551 ผลิตเมล็ด F, ระหว่างข้าวเหนียวพันธุ์ สันป่าตอง 1 กับข้าวเหนียวพันธุ์ กข6 ฤดูนาปรัง 2552 ฤดูนาปรัง 2555 คัดเลือกตัน BC,F₁ - BCF, ด้วยเครื่องหมายโมเลกุล และผลิตเมล็ด BCF2 ฤดูนาปรัง 2556-ฤดูนาปี 2558 คัดเลือกตัน BCF₂- BCF, แบบพันธุ์ประวัติ (Pedigree Method) ร่วมกับใช้เครื่องหมายโมเลกุลช่วยในการคัดเลือก และผลิตเมล็ด BCF3 BCF, ฤดูนาปรัง 2559 ศึกษาพันธุ์ 2 แถว (2-row Observations) ของต้น BCF, ฤดูนาปี 2559 ศึกษาพันธุ์ 4 แถว (4-row Observations) ของต้น BCF, ฤดูนาปรัง 2561-ฤดูนาปรัง 2562 เปรียบเทียบผลผลิตภายในสถานี จำนวน 3 ฤดู บันทึกลักษณะประจำพันธุ์ ศึกษาคุณภาพทางกายภาพ ศึกษาปฏิกิริยาต่อโรคไหม้ในฤดูนาปี รวมระยะที่ใช้ในการปรับปรุงพันธุ์ 11 ปี