การผลิตข้าวในปัจจุบันส่วนใหญ่เกษตรกรมักใช้สารเคมีป้องกันกำจัดศัตรูพืชร่วมกับการใส่ปุ๋ยเคมีเป็นหลัก แต่หากมีการใช้สารเคมีและปุ๋ยเคมีมากเกินความจำเป็นจะมีผลกระทบต่อสุขภาพของมนุษย์และสิ่งแวดล้อมเช่นเดียวกับสารพิษตกค้างชนิดอื่น การควบคุมศัตรูพืชโดยชีววิธีด้วยเชื้อราปฏิปักษ์ของแมลง Beauveria bassiana และแบคทีเรียในบริเวณเขตรากพืชที่สามารถส่งเสริมการเจริญเติบโตของพืช (พีจีพีอาร์) Bacillus subtilis TU-Orga1 และ Pseudomonas fluorescens SP007s เพื่อลดการใช้สารเคมีป้องกันกำจัดศัตรูพืช แต่การใช้ชีววิธีทดแทนสารเคมียังอยู่ในวงค่อนข้างจำกัด ยิ่งไปกว่านั้นราสาเหตุโรคข้าวหลายชนิดยังต้านทานต่อสารเคมีที่ใช้ป้องกันกำจัด จุลินทรีย์ที่มีประโยชน์ต่าง ๆ จึงกลับมามีความสำคัญต่อการควบคุมศัตรูพืชทางเลือกและจะสามารถแก้ปัญหาดังกล่าวข้างต้นได้